V systému Flexideo se soubory vyskytují v různém vztahu k datům a také v různém stavu zabezpečení.
Nejprve se podíváme na základní úhel pohledu, tedy na soubory jako přílohy u dokumentů:
Soubory jako přílohy dokumentů
Pomocí formuláře dokumentů, ale i za pomoci nástroje pro vložení příloh a dalších aplikací je možné k instancím typů dokumentů připojovat soubory jako přílohy. Soubory trvale neexistují na serveru bez patřičného databázového záznamu, který na ně odkazuje, a který k nim také řídí přístup uživatelů.Pokud tedy uživatel nemá přístup k žádné ze struktur, která odkazuje na určitý soubor, nemůže získat ani tento soubor. Na jeden soubor může odkazovat i několik struktur.
Práce se soubory je dělena na jejich vkládání a opětovné vydávání.