V systému flexideo se soubory vyskytují v různém vztahu k datům a také v různém stavu zabezpečení. Nejprve se podíváme na základní úhel pohledu, tedy na soubory jako přílohy u dokumentů:

Soubory jako přílohy dokumentů

Pomocí formuláře dokumentů, ale i za pomoci nástroje pro vložení příloh a dalších aplikací je možné k instancím typů dokumentů připojovat soubory jako přílohy. Soubory trvale neexistují na serveru bez patřičného databázového záznamu, který na ně odkazuje, a který k nim také řídí přístup uživatelů. Pokud tedy uživatel nemá přístup k žádné ze struktur, která odkazuje na určitý soubor, nemůže získat ani tento soubor. Na jeden soubor může odkazovat i několik struktur. Práce se soubory je dělena na jejich vkládání a opětovné vydávání.