Pokud ve flexideo hovoříme o dokumentech, pak je řeč o věcně ucelených a strukturovaných informačních jednotkách, někdy i s poměrně rozsáhlou strukturou. Na těchto jednotkách, flexideo dokumentech, pak stojí všechny další tvořené části. Nejde tedy o soubory a DMS v obecném slova smyslu, ale o specifický význam v konceptu flexideo.

Základním významem dokumentu, jak již bylo uvedeno, je poskytnutí pohledu na informace uložené v prvcích prostřednictvím jejich poskládání do definice dokumentu, resp. do jeho oblastí. To znamená, že žádný prvek nemůže být ve struktuře nikdy uveden přímo na kmenu dokumentu. Každý prvek vždy nejprve patří do nějaké oblasti a teprve po té patří k nějakému dokumentu. Má to své důvody, které souvisí s možnostmi oblastí a principy stromové struktury dokumentů obecně.

Každý dokument ve flexideo má své formátovací styly XSLT generované automaticky na základě obecných stylů a XDS. Tento automatický formát je možné nahradit, upravit nebo doplnit vlastním XSLT podle potřeb každého dokumentu. K takovým případům dojde například u faktury, která má naprosto jasně dané potřeby pro prezentaci, zatímco například u karty klienta si vystačíme s automaticky generovanou prezentací. Možnosti automatického generování stylů jsou však bohaté, neboť je zde zpřístupněn model CSS formátovacích stylů. Způsoby použití najdete v oblasti věnované popisu intranetu.