Bezprostředně po svém spuštění vytvoří hlavní vlákno vlastní objekt instance (v počátečním stavu prázdný) a registruje jej do nadřazeného superserveru. Následně se zahájí proces načítání tzv. „obsahu“ instance. Nejdříve je však zpracována základní konfigurace, která je nezbytná pro jakékoli další kroky. Tato konfigurace je uložena v konfiguračním souboru instance a definuje veškeré parametry nezbytné jak pro načtení aplikační struktury (např. cesty k adresářům), tak i pro samotný běh aplikace (např. přístupové údaje k databázi, IP adresy pro webový server a další síťové parametry). 

Po úspěšném načtení a ověření konfiguračního souboru jsou postupně zaregistrovány a inicializovány další komponenty na úrovni instance – zejména webový server (podrobněji popsáno dále), systémový log, přístupové body do databáze a další provozní součásti. 

Dalším krokem v procesu inicializace je načtení tzv. DAD (Data Application Definition). DAD představuje základní popis struktury konkrétní instance – definuje databázovou strukturu, datové vazby, seznam rolí a jejich oprávnění pro přístup k datům. Obsahuje také specifikace vlastností, které lze přiřazovat jednotlivým prvkům systému jak na úrovni databáze, tak i v aplikační vrstvě. 

Během načítání DAD se provádí kontrola konzistence datových struktur. Po jejím dokončení následuje ověření konzistence vnitřních vazeb definovaných v rámci DAD. Pokud jsou tyto kontroly úspěšné a DAD je vyhodnocen jako bezchybný, přistupuje se k ověření stavu databáze. V tomto kroku je načtena kompletní aktuální struktura databáze, včetně uložených procedur, funkcí a dalších databázových objektů, a tato struktura je následně porovnána s načteným DAD. 

Pokud je struktura databáze s DAD plně v souladu, pokračuje se v procesu načítání systému Flexideo. Pokud však dojde k neshodám, služba je uvedena do stavu „pozastaveno“ a je zahájena aktualizace databáze. V případě, že databáze ještě neexistuje, je automaticky vytvořena nová. Po úspěšné aktualizaci se databáze dostane do souladu s DAD a proces může pokračovat. 

V následující fázi jsou načtena databázová data, která jsou nezbytná pro běh instance. Patří mezi ně informace o uživatelských účtech, cesty k úložištím příloh, statistické informace o provozu instance, MIME typy, virtuální složky webového sídla, definice plánovaných úloh a další provozní údaje. 

Poté instance zaregistruje do plánovače úloh několik systémových úloh (např. aktualizace statistik, aktualizace klíčů atd.), ověří platnost cest k úložištím souborů a načte klíčové soubory potřebné pro běh webového sídla. Po dokončení všech těchto kroků přechází služba do stavu „spuštěno“ a instance je připravena k plnému provozu. 

Pokud byla úspěšně dokončena i inicializace webového serveru, instance může obsluhovat požadavky klientů. Z hlediska struktury obsahuje instance zejména vlastní datovou strukturu, konfigurační parametry, registrace do globálních komponent (např. webový server) a obecně platné objekty jako jsou systémový log a úložiště přikládaných souborů. 

Nad rámec těchto základních komponent slouží instance také jako kontejner pro data specifická pro konkrétní operace – zejména různé typy cache (např. pro práci s dokumenty, předkompilované akce, zpracované XSLT šablony, OAuth tickety a další dočasné objekty).