Systém Flexideo komunikuje s klientskou částí prostřednictvím protokolu HTTP. Podporuje jak klasickou webovou komunikaci, tak výměnu strukturovaných dat ve formátu XML a dalších. Každá aplikace nabízí více způsobů připojení – přes XML protokol, webové služby i webová rozhraní pro přímou práci uživatele. 

Serverová část systému disponuje vlastním XML komunikačním protokolem, který je optimalizován pro efektivní výměnu dat mezi klientem a serverem. Zároveň umožňuje komunikaci prostřednictvím webových služeb, které mohou být buď aktivní (volané klientem), nebo pasivní (server reaguje na události). 

Pro přímou interakci s uživatelem jsou určena webová rozhraní, a to jak pro intranetové prostředí, tak například pro komponentu COMEX nebo jiné specializované klientské aplikace. Tato rozhraní poskytují uživatelsky přívětivé prostředí pro práci s daty a řízení procesů. 

Tato část dokumentace se zaměřuje především na strukturu požadavků a odpovědí, které jsou směrovány na server a vraceny zpět klientovi. Jsou zde uvedeny příklady konkrétní komunikace, které slouží jako vodítko pro vývoj a integraci.