Soubory připravené nebo předpřipravené v předchozích fázích je třeba dostat na Flexideo server, odkud jsou dále dle potřeb po přihlášení distribuovány do light-client rozhraní uživatelů.
Soubory jsou na server přesouvány dvojím způsobem:

Ať již se podaří login na server či nikoli, jako první je na řadě aktualizace platformy. O aktualizaci replikátoru, intranetu a COMEX rozhraní na úrovni platformy se stará systém aktualizací Flexideo. V rámci replikace verze je vždy nejprve prověřeno, zda není třeba pro danou instanci doplnit nějakou platformní aktualizaci. Tutu funkci lze samozřejmě vypnout, ale je to nedoporučovaný postup.

on-line přímo přes webový endpoint spuštěné flexideo instance (naprostá většina případů) nebo přes namapovaný síťový disk, FTP/VPN apod. nebo

off-line v případech, kdy například startujeme novou instanci a server ještě neběží a není možné jej kontaktovat je možné připravit do určené dostupné složky instalační balík, který je pak doručen a zapsán na server jiným způsobem;
Je však možné volit, zda pro určitou instanci chci nebo nechci instalovat beta-verze, které jsou užitečné na zkušebních / testovacích instancích pro ověření, zda připravovaná verze platformy Flexideo nepřinese nějaké nežádoucí úpravy (byť by k tomu, vzhledem k obecnosti a konceptu oddělenosti vývoje technologií od aplikační logiky, nemělo takřka vůbec docházet).
Následně je sestaven a odesílán nejobjemnější balík replikovaných souborů aplikační úpravy v rámci verze. U větších instancí, pokud není replikováno v režimu pouze změn nebo je těchto změn hodně, může jít řádově i o tisíce souborů určených pro různé dokumenty a různé uživatele v různých rolích pro výše popsané účely.
Jako poslední jsou na server dopravováný soubory aktualizující nejrůznější protokoly, především pak podklady s mapami externích API, na které se v rámci intranetu bude určitá instance Flexideo napojovat. Jde o mapy pro tvorbu, nikoli provozování takových API napojení. Přestou jsou tyto preventivně aktualizovány s každou replikací a následnou instalací verze.
V případě nejčastějšího přesunu přes funkční webový endpoint běžící aplikace dochází po uploadu všech souborů do přípravné složky k dotazu, zda má být verze zavedena. Po jeho potvrzení dojde na staraně serveru k masivnímu přenosu nahraných souborů do jejich cílového uložiště a ve většině případů též k vyvolání tzv. dad update, tedy zavedení odeslaných DAD map do struktury SQL databáze.
V takovém případě (a pouze při něm) dojde ke krátké odstávce serveru, o které server Flexideo všechny uživatele korektně informuje a rámci této pauzy provede aktualizaci databáze. Následně aplikaci opět zpřístupní, aktivuje komunikaci s uživateli.