Aplikace Flexideo jsou tvořeny a provozovány ve třech vrstvách, kde samotným jádrem je XDS definice, která s využitím replikátoru zajišťuje intranet. Zatímco replikátor je určujícím faktorem pro vznik serveru a jeho datové struktury, Intranet Flexideo je již plně závislý na běžící instanci Flexideo serveru a slouží pro dynamickou další stavbu finální aplikace. Dokončení se pak odehraje v rámci třetí, nejvyšší vrstvy - COMEXu.