Vrstva intranet a COMEX pro svou činnost již nezbytně vyžaduje fungující Flexideo server, replikátor, přesto, že může se serverem komunikovat a v řadě případů to dělá, není z principu na běhu serverové Flexideo služby závislý. Server a jeho aplikační obsah, stejně jako všechny ostatní části, je také utvářen z výchozí definice replikátorem. Finální aplikace Flexideo funguje jako každá jiná běžná týmová aplikace, tedy na bázi klient-server. Díky replikaci je však výrazně zefektivněn způsob tvorby takové aplikace.Detailnější popis fungování serveru viz. hlavní sekce: