Dokumenty a jejich uspořádání mají určující význam pro relační databázový model dané aplikace. Ta se totiž vytváří a doplňuje v závislosti na vytváření a úpravách dokumentů a jejich struktury v XDS. Ve Flexideo nejsou dokumenty uloženy přímo v XML, ale jsou rozloženy do relačních tabulek podle definice každého dokumentu.
V praxi to znamená, že se nenavrhuje struktura tabulek, ale struktura dokumentů a propojení jejich segmentů a z této struktury se automaticky generuje struktura relačního databázového modelu.
Každý specifikovaný dokument (lépe řečeno typ dokumentu, protože se nejedná ještě o vlastní instance dokumentů, ale zatím pouze o definování struktury typu dokumentu) má podle těchto pravidel minimálně jednu tabulku, která jej reprezentuje.
V této tabulce se uchovávají přímé prvky tohoto typu dokumentu. Pokud dokument obsahuje segment, kde je zapotřebí pro jeden dokument obsáhnout (například tabulkovým způsobem) několik položek - jedná se o tzv. opakovatelný segment - vygeneruje se pomocná tabulka (případně tabulky) v databázi s patřičnou relací.