COMEX tedy slouží jako třetí, nejvyšší stupeň systému a je zaměřen pro nejširší okruh uživatelů systému, kteří provádějí často velmi specifické operace, pro které mívají v rámci COMEX nadstavby připraveny specifická uživatelská rozhraní. 

Jednotlivé odnože COMEX v rámci jedné aplikace Flexideo tak mohou mít formu samostatných aplikací určených pro konkrétní funkci či okruh uživatelů. COMEX bývá provozován jako webová aplikace, ale nemusí tomu tak nutně být. Základem COMEX nadstavby jsou totiž xml definice využitelné i v jiných vývojových prostředích. 

Tyto definice, jejich koncept a struktura, jež je přesně popsána xml schématem, je stabilním základem komplexně popisujícím jednak možnosti určité aplikace systému Flexideo a jednak jeho další nastavení, náhledy a další možnosti.